Sant Joan les Fonts está formado por tres núcleos de población: Sant Joan les Fonts -que da nombre al municipio-, La Canya y Begudà.

El municipio se encuentra en un punto de confluencia de las carreteras que unen Girona con Olot, Figueres y Camprodon. Además, es paso obligado para los amantes de los deportes de invierno que van a las pistas de esquí de La Molina, Vallter o Andorra.

Siguiendo la Ruta de la Tres Coladas, a parte de los espectaculares riscos que resiguen la Riera de Riudaura, también se pueden observar algunos de los sitios de más interés del pueblo: el puente medieval -construido con  piedra volcánica- y el Molí Fondo, un espacio de interés por su arqueología industrial y por la colada de lava que formaba parte de la antigua presa.

Fuera ya de la Ruta de las Tres Coladas podemos remarcar dos edificios de interés: el Monasterio Románico y el Castillo de Juvinyà, ambas construcciones declaradas de Interés Nacional.

Por un lado, el Monasterio Benedictino, conjunto arquitectónico del siglo XII del cual hoy puede verse la iglesia, destaca por la belleza de su arquitectura y por la decoración en relieve de los capiteles y la pila bautismal. Y por otro lado, el Castillo de Juvinyà, fechado en los siglos XII-XIV, y que es el edificio románico civil más antiguo de Catalunya. Situado a la vera del río Fluvià, es una casa señorial fortificada de dos cuerpos, la torre de defensa y el edificio principal. El castillo, también llamado Estada Juvinyà, acoge el Centro de Interpretación del Territorio de Sant Joan les Fonts.

En el municipio también encontramos la torre Canadell -una fortificación situada en la sierra de Vivers desde donde domina toda la llanura de la Garrotxa-, la iglesia de Santa Eulalia de Begudà -del siglo XII-, y el puente de Cossei, de origen románico.